O período Bakumatsu, uma lacuna entre o esplendor passado da era Shogunate e o glamour moderno do período Meiji, é um dos lugares mais violentos e intrigantes para começar um romance.
Chizuru Yukimura partiu para Kyoto para encontrar seu pai desaparecido, mas acidentalmente se envolve nas intrigas do Shinsengumi, um grupo de guerreiros que defende os poderes do xogunato.
Os homens em Shinsengumi não estão apenas lutando contra as forças do Imperador Meiji e os estranhos demônios, eles também estão escondendo um segredo terrível. Eles estão escondendo algo entre eles.
Ambos os jogos Hakuoki Shinkai combinados em um jogo.