Um dia, enquanto pegava ferramentas em Muenzuka, Morichika Rinnosuke descobre uma estranha máquina que deve ter vindo do mundo exterior.
Era uma máquina chamada WRS, que servia para gerar e experimentar jogos ambientados no mundo cibernético.
Touhou Genso Wanderer: Lotus Labyrinth é um RPG de exploração de masmorras que combina elementos completistas com excepcional facilidade de jogo.