O jogo começa com o protagonista, que tentou escapar dos Cyborgs usando um jetbike. Infelizmente, seu veículo foi severamente danificado e caiu em uma selva de Titã. Ele acorda depois de um tempo, encontra uma arma e recupera um holócubo mais tarde. Seu próprio holograma diz que ele é Conrad B. Hart, e ele precisa encontrar Ian em New Washington, dizendo que não está seguro. Depois de uma pequena jornada na selva, ele conhece Bolton e pede para encontrar seu teletransportador para assistência médica. Depois de recuperar o teletransportador, ele se teletransporta ao deixar seu próprio cartão de identificação. Depois de se aventurar por um tempo, Conrad conhece Joe, ele diz que New Washington está no buraco atrás dele, mas um cinto antigravidade é necessário. Para obtê-lo, ele pede várias frutas de Granada. Depois de trocar o que ambos desejam, Conrad pula no buraco e ativa o cinto para chegar com segurança a New Washington.
Perto da casa de Ian, ele ouve um Cyborg interrogando-o sobre um neurófago. Depois de salvá-lo, ele devolve parte de sua memória e dá um campo de força para protegê-lo de balas. Conrad então verifica sua Realidade Virtual GBI com um professor virtual, que zomba dele e conta a ele sua própria localização enigmática. Ele encontra um Memory Flash no local, para descobrir um acordo com alienígenas disfarçados na Torre da Morte. Conrad pede a Joe uma nova identidade para o programa de TV da Torre da Morte. Joe diz que o custo é de 1.500 créditos e aponta o Centro de Administração para obter uma Permissão de Trabalho por um salário. Ele usa o cartão de identificação de Bolton para obter uma autorização de trabalho. Depois de fazer seu primeiro trabalho, ele consegue outro Memory Flash, sobre um encontro entre ele e o verdadeiro professor, dizendo-lhe que a Terra está sendo silenciosamente invadida por alienígenas apelidados de Morphs. Ele então fala sobre um neurófago que ele fez para destruir todos eles. Enquanto realiza outras tarefas, ele encontra outras peças de sua memória de volta, bem como instruções para encontrar o neurófago e seu ativador. Com todo o salário que ganhava realizando trabalhos, ele compra o que queria de Joe e entra no programa de TV da Torre da Morte como Jay Carpenter.
Depois de vencer o show e conseguir uma passagem para a Terra, Conrad conversa com o locutor sobre o fechamento do negócio. A metamorfose disfarçada então revela que eles têm o novo senador e Sonia, a namorada de Conrad, e espera que eles sejam absorvidos por The Mind. Depois de matar o locutor, ele usa a passagem para a Terra para salvar Sonia e o planeta.
Eventualmente, ele é preso no espaçoporto da Terra por policiais ciborgues corrompidos, mas consegue escapar. Ele encontra Ian novamente, que diz que apagar sua própria memória para enganá-los não funcionou, lembrando-o de que ele deu seu primeiro flashback, e revela que ele é um Morph, e o objetivo dos Morphs: aperfeiçoar a humanidade como uma entidade poderosa. . Ele dá a Conrad seu doloroso último Flashback: mostrando que ele tinha um plano muito arriscado para ir ao mundo natal dos Morphs. Ele então dirige uma moto a jato, pergunta a Bolton onde está o senador e fala sobre o Paradise Club. Ao chegar lá, presencia um encontro entre o senador e os Morphs, que o absorveram, e fala sobre a colonização da Terra. A ventilação onde ele representa caiu com seu peso e é aprisionada por eles. Ele consegue escapar e encontra Ian mais uma vez, e o mata. Ele encontra um teletransportador que o leva ao seu mundo natal.
Depois de ser teletransportado, ele liberta o professor de sua prisão e diz a Conrad para se livrar de um cérebro auxiliar para salvar Sonia. Depois disso, ele diz a ele para destruir The Mind e usar o neurófago no núcleo do planeta. Quando ele conhece The Mind, ela tenta persuadir Conrad a ser absorvido por ele, apenas para ser ridicularizado, e diz que prefere ser ele mesmo. Depois de destruí-lo, Conrad libera o neurófago. Ao pedir desculpas a Sonia, o professor diz a Conrad para correr, pois há uma espaçonave não muito longe.
Conrad consegue deixar o Morph Planet vivo enquanto ele explode com a espaçonave. Ele tenta descobrir onde está no mapa, apenas para descobrir que sua posição é desconhecida. Infeliz, ao ir para seu quarto, seu holocubo mostra um holograma de Conrad parabenizando-o. Conrad então entra em animação suspensa enquanto a espaçonave avança. Os créditos mostram as cenas, incluindo uma quando a animação suspensa termina quando ele acorda. A cutscene pós-créditos é uma discussão entre alguns dos personagens, com Sonia sentindo que Conrad ainda está vivo.
Flashback é um remake de videogame de plataforma de ficção científica do Flashback original de 1992. O jogo foi desenvolvido pelo designer do jogo original, Paul Cuisset, com seu estúdio, VectorCell, e publicado pela Ubisoft. O jogo foi lançado em 21 de agosto de 2013 no Xbox Live Arcade.