Tendo lugar no planeta Gaia, a história segue um ladrão chamado Zidane Tribal, membro de uma trupe de ladrões encarregado de sequestrar a princesa de Alexandria, Garnet Til Alexandros XVII. Ele se junta a ela e a uma equipe de aliados para impedir a rainha Brahne e seu aliado Kuja de travar uma guerra com um exército de magos negros.
As versões de console de Final Fantasy IX trouxeram principalmente melhorias técnicas, além de algumas outras pequenas alterações. O anti-aliasing é um pouco melhor do que a versão para PC, a interface do usuário dos menus de batalha foi reduzida para ocupar menos espaço na tela e você também pode jogar pôquer depois de vencer o jogo.