O jogo se passa no fictício Condado de Hope, Montana, onde um pregador chamado Joseph Seed ganhou destaque na região. Seed acredita que foi escolhido para proteger o povo de Hope County de um "colapso inevitável" e estabeleceu uma congregação chamada Eden''s Gate. Ostensivamente, isso é para cumprir sua missão de conduzir o povo à salvação; na realidade, Seed é um pregador radical e Eden''s Gate é um culto apocalíptico militarista. Sob seu governo, Eden''s Gate usou coerção e violência para converter à força os residentes de Hope County e intimidação para impedi-los de entrar em contato com o governo federal em busca de ajuda. Quando uma tentativa de prender Seed termina com a morte de vários homens da lei, o jogador é arrastado para o conflito armado entre Eden''s Gate e os residentes restantes de Hope County que estão se organizando em um movimento de resistência. O jogador assume o papel de um xerife que é enviado ao Condado de Hope para prender Seed. Seed assumiu o título de "o Pai" e mantém o controle sobre Hope County com a ajuda de seus irmãos, conhecidos como "os Arautos": Jacob, um ex-oficial militar que supervisiona seus soldados armados; John, um advogado que conseguiu adquirir grande parte das terras em Hope County para Eden''s Gate; e Faith, que age como pacifista para levar o povo a acreditar e confiar em seu irmão mais velho. Os residentes de Hope County que se opõem a Seed incluem o pastor Jerome, um líder da igreja local que viu sua congregação ser tomada por Eden''s Gate; Mary May, uma garçonete cujo pai foi assassinado pelo culto; e Nick Rye, um piloto de pulverizador que quer eliminar a influência do culto para construir um futuro melhor para seus filhos.
Bem-vindo a Hope County, Montana, terra dos livres e corajosos, mas também lar de um fanático culto apocalíptico conhecido como The Project at Eden''s Gate, que está ameaçando a liberdade da comunidade. Enfrente o líder do culto, Joseph Seed e os Heralds, e acenda o fogo da resistência que libertará a comunidade sitiada.
Neste mundo expansivo, seus limites e criatividade serão testados contra o maior e mais cruel inimigo que Far Cry já viu. Vai ser selvagem e vai ficar estranho, mas contanto que você mantenha seu juízo sobre você, os residentes de Hope County podem ficar tranquilos sabendo que você é o farol de esperança deles.