Dragon Quest III se passa muitos anos antes do Dragon Quest original em um mundo com grande semelhança com o mundo real. Um demônio perverso, Baramos, ameaça destruir o mundo. O herói, filho ou filha (você pode escolher ser homem ou mulher) do lendário Ortega, recruta até três companheiros de viagem e parte para derrotar Baramos, apenas para descobrir mais tarde que Baramos é apenas um discípulo de Zoma, o demônio. que governa o Mundo das Trevas abaixo. O herói então viaja para o Dark World, conhecido como Alefgard nas parcelas subsequentes da série, e restaura a luz. Por sua bravura, o herói recebe o título de Loto (Erdrick na versão NES).
O fluxo do jogo é o seguinte. O herói viaja de seu país natal, Aliahan, para explorar o mundo e adquirir três chaves necessárias para abrir portas ao longo do jogo. Depois de salvar um casal da cidade de Baharata do bandido Robbin''''ood, o herói recebe Black Pepper, que troca por um veleiro em Portoga. Com a nave, o herói adquire a Chave Final e os seis orbes místicos que são usados para reviver o lendário pássaro Lamia. Lamia leva o herói ao castelo de Baramos. Depois de uma batalha feroz, a celebração do herói é interrompida quando Zoma ataca e abre o fosso para o mundo sombrio. No mundo sombrio, o herói adquire as Pedras da Luz do Sol, o Cajado da Chuva e o Selo de Rubiss. Esses itens são então trocados pelo Rainbow Drop. Este item cria uma ponte, que leva o herói ao castelo de Zoma para o confronto final.
Dragon Quest III é conhecido por expandir muito o Dragon Warrior e o Dragon Warrior II originais. O jogo usa convenções básicas de RPG de console, como subir de nível ganhando pontos de experiência e equipando itens. A batalha é baseada em turnos como os outros jogos da série.
Dragon Warrior III apresenta um sistema de classes, no qual cada personagem possui uma determinada classe. Enquanto o Herói sempre mantém a classe Herói, os demais personagens podem escolher entre: Soldado (Guerreiro na versão GBC), Lutador, Peregrino (Clérigo), Mago (Mago), Mercador (Traficante), Pateta (Bobo da Corte) , Sage e Thief, que estava disponível apenas nas versões posteriores. A escolha da classe afeta muito as estatísticas do personagem e os feitiços que ele pode aprender. Além disso, ao atingir o nível 20 de experiência, o personagem tem a opção de mudar de classe no templo de Dhama, encontrado no meio do jogo. O jogo começa apenas com o Herói do grupo, que então pode recrutar um grupo de três na taverna local. Ao contrário da maioria das festas de Dragon Quest, além do Herói, a festa não é composta por personagens envolvidos na história. Embora apenas quatro personagens possam estar no grupo por vez, membros extras do grupo podem ser mantidos na taverna, permitindo espaço para novos recrutas. Outra inovação é uma arena onde o jogador pode apostar no resultado das batalhas de monstros.
Os remakes incorporaram algumas mudanças de interface de jogos posteriores da série, como abertura de porta simplificada; a bolsa, que substituiu o armazenamento de itens do banco; os comandos de classificação de itens "Item Arrumado" e "Bolsa Arrumada"; e o comando "Full HP", que pode ser usado fora do combate para automatizar o processo de lançar feitiços de cura e restauração de status.
Embora os jogos Dragon Quest anteriores também não fossem lineares, Dragon Quest III foi o exemplo mais substancial de jogabilidade de mundo aberto entre os primeiros jogos Dragon Quest. Também permitia ao jogador trocar de personagem dentro e fora do grupo à vontade, e outra "grande inovação foi a introdução de ciclos diurno/noturno; certos itens, personagens e missões só são acessíveis em determinados horários do dia".