O jogador assume o papel de um fuzileiro naval (sem nome para representar ainda mais a pessoa que joga), "um dos mais durões da Terra, endurecido em combate e treinado para a ação", que foi encarcerado em Marte após agredir um oficial sênior quando ordenado a atirar em civis. . Lá, ele trabalha ao lado da Union Aerospace Corporation (UAC), um conglomerado multiplanetário e contratante militar realizando experimentos secretos em viagens interdimensionais. Recentemente, o teletransporte mostrou sinais de anomalias e instabilidade, mas a pesquisa continua mesmo assim.
De repente, algo dá errado e criaturas do inferno saem dos portões de teletransporte em Deimos e Phobos. Uma resposta defensiva da segurança da base falha em interromper a invasão, e as bases são rapidamente invadidas por monstros; todo o pessoal é morto ou transformado em zumbis
Um destacamento militar de Marte viaja para Fobos para investigar o incidente. O jogador tem a tarefa de proteger o perímetro, enquanto a equipe de assalto e suas armas pesadas são trazidas para dentro. O contato por rádio logo cessa e o jogador percebe que é o único sobrevivente. Sendo incapaz de pilotar a nave de Phobos sozinho, a única maneira de escapar é entrar e lutar contra os complexos da base lunar.
No futuro, os humanos deixaram a Terra e se estabeleceram em toda a galáxia. Em Marte, a Union Aerospace Corporation estabeleceu uma instalação de resíduos radioativos e permitiu que os militares conduzissem experimentos de teletransporte nas luas próximas de Deimos e Phobos. Horas atrás, a base em Marte começou a receber mensagens de socorro incoerentes de Phobos, enquanto Deimos desapareceu completamente. Com todas as tentativas de estabelecer contato falhando, você e sua equipe foram enviados para investigar. Ao chegar, você protege o perímetro enquanto o restante de sua equipe entra nas instalações. Enquanto você fica de guarda, seu rádio estala com o som de tiros, ossos quebrando e gritos de gelar o sangue e, eventualmente, fica em silêncio. Sozinho, sem saída do planeta ou meios de se defender além de sua fiel pistola, só há uma saída - para o complexo de morte e os horrores que o aguardam lá dentro. Se você planeja sair daqui vivo, você deve afastar as hordas de diabinhos demoníacos, assombrando espectros e seus mortos-vivos, ex-companheiros esperando para despedaçá-lo membro por membro. Então, pegue a espingarda mais próxima e saia dessa loucura!