No futuro próximo da Terra, extremos climáticos, superpopulação, escassez de alimentos e uma pandemia global levaram as nações ao colapso e a humanidade à beira da extinção. Os cientistas adotaram um meio no qual o cérebro humano foi removido e cirurgicamente envolvido em uma armadura robótica; um processo conhecido como Integração. Era para ser uma solução temporária para uma crise inevitável.
Foi uma coisa boa por décadas, permitir que os humanos sobrevivessem. Mas alguns dos Integrados viram esta nova forma como o futuro da humanidade. Sem querer reverter o processo, os Integrados pós-humanistas estratificaram-se, chamando-se Rayonne. A guerra global logo estourou e as forças de Rayonne agora procuram caçar quaisquer humanos remanescentes, forçando sua integração e destruindo aqueles que não compartilham de seus pontos de vista.
Em Disintegration, você interpreta um personagem integrado chamado Romer. Ele é um dos muitos que se rebelaram e agora são proibidos pelo Rayonne.
Cabe a você liderar um pequeno grupo desses bandidos, pessoas que escolheram revidar e sobreviver, para um futuro melhor, onde protegemos aqueles com quem eles se preocupam e esperamos um dia se tornar humanos novamente.