A história de Disgaea começa com Laharl saindo de um caixão aberto em seu quarto. Etna, um dos vassalos do castelo, está ao lado dele, cercado por várias armas. Ela explica que ele está dormindo há dois anos, muito mais do que pretendia, e seu pai, o rei Krichevskoy, morreu. Laharl jura recuperar o trono e, após consultar Etna e seus outros vassalos, vai para o castelo de Vyers.
Depois de derrotar o demônio Vyers, que se refere a si mesmo como o "Dark Adonis" e é renomeado como "Mid-Boss" por Laharl, ele conhece o Angel Trainee Flonne. Flonne foi enviada ao Netherworld por Seraph Lamington, o governante de Celestia, para assassinar o rei Krichevskoy (que já estava morto). Chocado com a falta de tristeza de Laharl pela morte de seu pai, o eternamente otimista Flonne se junta ao grupo de Laharl para determinar se os demônios são capazes de sentir amor. Observando-os em segredo está o paranóico Arcanjo Vulcanus, que interpreta as ações de Flonne como traição e está convencido de que ela está tramando contra ele.
Depois que Etna exige que Laharl pague o salário dos Prinnies que ela contratou, ele decide atacar o demônio com mais dinheiro nas proximidades. Este é o Hoggmeiser no Dinero Palace. Depois de derrotar Hoggmeiser, Laharl está prestes a matá-lo, até que o filho de Hoggmeiser sai correndo e fica no caminho. Flonne convence Laharl a poupá-los, e Laharl permite que eles fiquem com parte do dinheiro. Em resposta a este ato, Hoggmeiser se junta à festa.
A certa altura, Flonne e Etna descobrem uma fotografia de Laharl em uma situação embaraçosa. Laharl se refere a isso como uma "tiro de paparazzi", no entanto, o conteúdo real da foto nunca é revelado. Uma ameaça no verso da fotografia afirma que cópias dela seriam distribuídas se Laharl não aceitasse o desafio de lutar pela soberania; assim, Laharl foi chantageado.
Respondendo a este desafio, Laharl conhece Maderas, um vampiro. Ele foi banido pelo rei Krichevskoy, por roubar o lanche favorito do rei, pretzels pretos. Maderas tira proveito das duas maiores fraquezas de Laharl – otimismo e mulheres com corpos sensuais. Maderas também estava controlando Etna mantendo sua memória. Ele a instruiu a matar o príncipe, mas ela o colocou para dormir por dois anos envenenando-o. Etna eventualmente trai Maderas e, junto com Laharl, Flonne e Mid-Boss, o derrota.
Uma versão de Disgaea: Hour of Darkness, incluindo o conteúdo adicionado em Afternoon of Darkness e Disgaea PC, foi lançada para Nintendo Switch e PlayStation 4 em 9 de outubro de 2018, renomeada como Disgaea 1 Complete. Alguns elementos do jogo foram atualizados, incluindo a adição de novos sprites de resolução mais alta no mesmo estilo de Disgaea 5, alterando as imagens de arte dos personagens com o estilo artístico de Disgaea 5, bem como substituindo retroativamente algumas classes genéricas de humanoides e monstros que não apareciam desde Disgaea: Hour of Darkness com classes que aparecem em jogos posteriores da série.