Em Arcana Heart 3, o caos está em erupção no Japão. Fendas planares estão aparecendo em vários locais do país e suspeita-se que o Drexler Institute, um jogador na Grande Guerra há muitos anos e criador da Divine Celestial Weapon, esteja envolvido. Há um boato circulando de que, se alguém colocar as mãos em uma pedra celestial de uma fenda, seus desejos serão atendidos. Seu poder atrai muitas jovens para procurá-los, seja para selá-los ou na esperança de que os rumores sejam verdadeiros. Cada um tem suas próprias razões para a caça, e eles não permitem que ninguém fique em seu caminho, inimigo... ou amigo.