A história do jogo se passa imediatamente após os eventos do segundo jogo. Quando as ruínas da estação espacial do Doutor Neo Cortex aterrissam na Terra, eles liberam uma entidade maligna conhecida como Uka Uka, o irmão gêmeo maligno de Aku Aku. Ele decide se juntar a Cortex e ao Doutor Nefarious Tropy enquanto eles planejam reunir cristais poderosos espalhados pelo tempo e usar sua energia para escravizar a Terra. O jogo segue os personagens principais Crash e Coco Bandicoot enquanto eles viajam no tempo e evitam que os vilões coletem os cristais, coletando-os eles mesmos.
Crash Bandicoot: Warped é o terceiro jogo da série Crash Bandicoot e o primeiro a apresentar Coco como personagem jogável. O jogador assume o controle de Crash e Coco Bandicoot, que devem viajar para trás e para frente no tempo e reunir 25 cristais antes que Uka Uka e o Doutor Neo Cortex possam fazê-lo. Grande parte do jogo ocorre no Time Twister, que atua como a área central do jogo. O Time-Twister é dividido em cinco câmaras, cada câmara tem cinco botões que abrem portais para diferentes níveis. O objetivo em cada nível é encontrar e obter o cristal escondido no nível. Crash Bandicoot: Warped foi elogiado pela crítica em muitas áreas, e o jogo foi considerado um dos melhores videogames de todos os tempos.