Após a última batalha com Crash Bandicoot, Cortex é jogado na ilha de Crash e cai em uma caverna cheia de cristais brilhantes. Convencido de que eles possuem um poder tremendo, ele pega um e volta para seu laboratório. Um ano depois, Cortex e seu novo assistente, Dr. N. Gin, reconstroem um Cortex Vortex atualizado no espaço sideral, que transformará todos na Terra em seus escravos irracionais. Mas eles precisam de mais 25 cristais para atingir a capacidade máxima do Vortex e não têm mais nenhum de seus agentes na Terra. Cortex então planeja um plano para manipular Crash para recuperar os cristais para ele.
Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back é o segundo jogo da série Crash Bandicoot e a sequência do jogo original. A jogabilidade é muito semelhante à do original, pois os jogadores avançam em um ambiente limitado enquanto quebram caixas que contêm bônus. O objetivo do jogo é reunir 25 cristais para o inimigo de Crash, Doutor Neo Cortex. Os cristais estão espalhados entre 25 níveis diferentes acessíveis através de Warp Rooms, que são áreas centrais do jogo. Um nível é concluído coletando seu respectivo cristal e chegando ao final de seu caminho, que retorna Crash para a Warp Room.