Um jogo de acompanhamento para Cotton 2, Cotton Boomerang usa os mesmos gráficos, som e inimigos, mas uma jogabilidade ligeiramente diferente.
Acabaram-se as barras de vida, agora você tem mortes com um golpe (semelhante ao primeiro episódio).
Longe vão as vidas extras, em vez disso você tem 3 personagens escolhidos, estilo tag-team.
Foi-se o sistema de nível baseado em experiência, subir de nível agora depende de itens de bônus durante o jogo.
Longe vão os ataques mágicos especiais em tela cheia, em vez disso, você tem uma bomba inteligente instantânea quando muda para um personagem diferente no jogo.
Longe vão os ataques mágicos dependentes de powerup, agora cada personagem tem seu próprio ataque mágico por padrão.
Os personagens também são equipados com ataques secundários para tornar seu estilo de tiro mais distinto um do outro. E ainda por cima, você tem muitos novos movimentos, contra-ataques, powerups e combinações de teclas para usar.
Enquanto Cotton 2 era mais um jogo de tiro tático (sempre que aplicável ao jogo) com seu combo em cadeia e sistema de vida/experiência, Cotton Boomerang é um jogo de tiro total devido aos movimentos adicionados, layout de nível diferente e geralmente mais rápido e jogabilidade mais louca.