No Halloween, o Espantalho força a evacuação civil de Gotham City após ameaçar liberar sua nova e potente toxina do medo. Batman rastreia o Espantalho até um esconderijo onde ele resgata a Poison Ivy aprisionada, que se recusou a se juntar aos outros bandidos de Batman na trama do Espantalho. Batman se encontra com a Oracle, que identifica Ace Chemicals como a fonte da toxina do Espantalho. Batman investiga a instalação, mas encontra o Arkham Knight e sua milícia fortemente armada. Batman supera as forças e localiza o Espantalho, que transformou todo o prédio em uma bomba tóxica. O Espantalho revela que sequestrou o Oráculo e expõe Batman à toxina antes de escapar. Batman inibe o raio de explosão da bomba antes de ser confrontado pelo Coringa.
Um flashback revela que antes da morte do Coringa, seu sangue infectado foi usado em transfusões de sangue, infectando cinco pessoas, incluindo Batman; Batman, escondendo sua infecção de outros, aprisionou os outros quatro destinatários que estavam se transformando física e mentalmente no Coringa. O Coringa, agora existente como uma projeção mental produzida pelo sangue infectado e pela toxina do medo, freqüentemente aparece para insultar Batman e manipular sua percepção da realidade. Depois que Batman escapa da explosão de Ace Chemicals, ele alerta Gordon sobre o sequestro do Oráculo, que com raiva sai para encontrar o Espantalho.
Batman descobre que o Espantalho recrutou o empresário Simon Stagg para construir o "Cloudburst" - um dispositivo de dispersão em massa para a toxina do medo. A bordo da aeronave de Stagg, Batman interroga Stagg e encontra o Espantalho, mas uma dose de toxina do medo permite que o Coringa assuma temporariamente o controle do corpo de Batman enquanto o Arkham Knight extrai o Cloudburst. Recuperando-se, Batman localiza o Oráculo no esconderijo do Espantalho, mas quando ele chega, ela é exposta à toxina do medo e comete suicídio aterrorizada. Harley Quinn toma a base do Batman no estúdio de cinema Panessa para resgatar os pacientes do Coringa. Batman e Robin capturam Harley e os infectados, mas um dos pacientes, Henry Adams, mata os outros, antes de se suicidar, acreditando que Batman se tornará o Coringa perfeito. Percebendo que Batman está infectado, Robin tenta prendê-lo antes que o Coringa assuma o controle, mas é preso por Batman, que se recusa a parar até que o Espantalho seja pego.
Vista-se com a fantasia de Batman Inc. para levar a guerra contra o crime para o próximo nível.