3 anos se passaram desde a grande aventura secreta de Ryza na Ilha Kurken.
Ryza, a única integrante de seu grupo a permanecer na ilha, recebe uma carta de sua amiga, junto com um pedido misterioso. Isso a inspira a deixar a ilha e se aventurar na capital real, Ashra-am Baird. No entanto, Ryza não sabe que isso levará ao início de uma nova aventura imaginativa envolvendo a busca dos mistérios das ruínas que cercam a capital real.
Esta história se passa três anos após os eventos do jogo anterior “Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout”, e retrata o reencontro de Ryza e seus amigos, que passam por novos encontros e despedidas para descobrir um verdadeiro tesouro inestimável.