O Filune assumiu como missão erradicar toda a humanidade e é hora de os humanos lutarem. O jogador, Roy Becket, decidiu fazer o que seu pai adotivo, Grato Nono, não conseguiu: salvar Estina Nono e acabar com o Filune.
Você é Roy Becket, um jovem piloto que sonha em se tornar tão habilidoso quanto seu pai adotivo. Quando uma guerra galáctica com uma antiga raça alienígena mecânica atinge seu ponto de ebulição, Roy é forçado a entrar em ação e assumir o controle de uma máquina de guerra bípede sobrenatural na esperança de salvar o que resta da humanidade. Juntando-se a Roy está uma jovem que afirma ter escapado das garras dos alienígenas nefastos. Alterada para sempre por experimentos horríveis, ela agora possui as mesmas habilidades que a humanidade precisará para atrasar o relógio do Juízo Final. Juntos, eles devem lutar sozinhos contra um exército implacável e reunir sua família despedaçada. O Fim de Todas as Coisas está à vista. À beira da erradicação está Astebreed.