O mundo de Arc: Twilight of the Spirits é habitado por duas raças: humanos e Deimos. As duas raças preferem evitar o contato uma com a outra, mas ambas dependem das Spirit Stones para manter o equilíbrio do mundo. Recentemente, o exército humano começou a varrer as terras, conquistando países. Este exército está indo atrás das cinco grandes Pedras Espirituais. Os Espíritos, porém, estão determinados a impedir isso; para atingir seu objetivo, eles escolhem dois heróis que eventualmente seriam capazes de unir as duas raças em uma batalha por justiça. Um deles é um nobre humano chamado Kharg, que odeia os Deimos e planeja vingança; outro é um escravo de Deimos chamado Darc, que sonha em unir e comandar sua raça. Os dois heróis conseguirão deixar de lado suas diferenças e salvar o mundo?
Arc: Twilight of the Spirits é a quarta entrada na série Arc the Lad. Assim como seus dois antecessores imediatos, o jogo possui batalhas táticas que permitem o livre posicionamento e movimentação dos personagens no campo de combate. No entanto, o jogo está mais próximo de ser um RPG "regular" no estilo japonês, em vez de um RPG tático. O jogador controla um grupo relativamente pequeno (até seis combatentes ativos) e é capaz de explorar cidades e masmorras no estilo RPG padrão. No início, o jogo coloca o jogador no controle de Kharg, mas depois os capítulos alternam entre o herói humano e Darc, cada um com seu próprio grupo. Os personagens podem usar uma variedade de técnicas, acumulando SP (pontos espirituais) em batalhas e usando-os para aprender ataques especiais.