Um famoso Freelancer chamado Haluk reúne um exército de Freelancers para entrar no Heart of Rage e desativar o Cenotáfio. Entre eles está o personagem sem nome do jogador, um novato realizando sua primeira missão. Acompanhando-os está Faye, a própria esposa de Haluk e Cypher. Logo no início da missão, todos os outros Freelancers são mortos, levando Faye a pedir uma retirada, com o jogador evacuando Haluk ferido. O retumbante fracasso faz com que as pessoas percam a fé nos Freelancers, cujas fileiras agora estão dizimadas.
Dois anos depois, o jogador se estabeleceu em Fort Tarsis, cidade fronteiriça entre The Heart of Rage e Antium, capital de Bastion. Em parceria com um jovem Cypher chamado Owen, eles ganham a vida completando modestos contratos de Freelancer para os locais. Owen aspira ser um Freelancer, apesar de suas habilidades psíquicas serem um obstáculo para pilotar um Javelin.
Um agente de Corvus chamado Tassyn contrata o jogador para localizar um espião que desapareceu enquanto estava disfarçado com uma gangue de contrabandistas chamada Reguladores. Em um esconderijo regulador devastado, eles encontram um líder do Dominion chamado The Monitor. O Monitor é um poderoso Cypher, um habilidoso piloto de Javelin, e participou do ataque a Freemark que criou o Heart of Rage. O Monitor executa o espião de Tassyn e pega uma relíquia do Shaper que eles estavam escondendo. Tassyn supõe que The Dominion está coletando relíquias para outra tentativa de alcançar o Cenotáfio e recontrata o jogador para alcançar o Cenotáfio primeiro. Ela também observa que Haluk e Faye passaram os últimos dois anos desenvolvendo um novo plano para desativar o Cenotáfio, recrutando a dupla para a missão de Tassyn.
Faye e Haluk acreditam que o único Javelin capaz de sobreviver ao Heart of Rage é o lendário Javelin of Dawn do General Tarsis. Usando pistas encontradas nas tumbas dos Legionários de Tarsis, eles localizam a tumba secreta de Tarsis. Dentro de sua tumba, o jogador obtém o sinete de Taris, que atua como uma chave para a Fortaleza do Amanhecer - o local da última resistência de Tarsis e o local de descanso do Javelin of Dawn. No Temple of Dawn, o jogador é desafiado por testes de habilidade e determinação. Depois de reencenar a última posição de Tarsis, uma aparição do General Tarsis declara que o jogador possui as qualidades de um Legionário do Amanhecer e concede acesso ao seu Javelin. Antes que o jogador possa tomar posse do Javelin of Dawn, seu próprio Javelin congela. Owen aparece e leva o crédito por sabotar seu Javelin para que ele possa pegar o Javelin of Dawn para si mesmo. Ele planeja aceitar a oferta do Monitor de poupar Fort Tarsis em troca de ajudá-lo com o Javelin of Dawn, e acusa o jogador de impedi-lo de realizar seu sonho de ser um Freelancer. Antes de Owen sair no Javelin of Dawn, Faye escaneia seu módulo de proteção exclusivo, o Shield of Dawn, esperando que ele possa ser duplicado para que o jogador possa entrar no Heart of Rage com seu próprio Javelin.
Haluk e Faye conseguem construir uma cópia do Escudo do Amanhecer, mas não conseguem ativá-lo. Ao mesmo tempo, Tassyn chega para anunciar que The Dominion está se aproximando do Heart of Rage. Tassyn também revela que contratou o jogador a pedido de Faye para substituir o papel de Haluk como piloto de Javelin. Chateado, Haluk voa com seu Javelin para a Fortaleza do Amanhecer para encontrar uma maneira de ativar o Escudo do Amanhecer, mas é emboscado pelo Domínio. O jogador chega para descobrir que Haluk foi salvo por Owen, que pede desculpas por sua traição. Como oferta de paz, Owen desiste de seu próprio Escudo do Amanhecer antes de partir.
Depois de ativar o Shield of Dawn em seu Javelin, o jogador retorna ao Heart of Rage, com Faye e Haluk fornecendo suporte remoto. O jogador descobre que o Monitor usou o canal para se fundir com o Hino e é forçado a lutar contra ele. Depois que o Monitor morre, Faye usa seus poderes para desativar o Cenotáfio e fechar o Coração da Fúria.
Enquanto comemorava em Fort Tarsis, o jogador é puxado por Tassyn para ver o cadáver de um Urgoth recentemente descoberto e morto dentro das fronteiras de Bastion. Suspeitando de outra crise, o jogador é solicitado a se preparar para ajudar novamente.
Anthem é um RPG de ação de mundo compartilhado, onde os jogadores podem mergulhar em uma vasta paisagem repleta de tecnologia incrível e tesouros esquecidos. Este é um mundo onde Freelancers são chamados para derrotar feras selvagens, saqueadores implacáveis e forças que conspiram para conquistar a humanidade.