O jogo se passa em 2037.
A história começa em 6 de fevereiro de 2036, quando um acidente envolvendo computadores enlouquecidos destrói muitas grandes cidades ao redor do mundo. O grande desastre é chamado de "Problema de 2036", mas há uma previsão de que haverá um incidente semelhante em 2038. Então, um grupo de cientistas usa o supercomputador Gaia para criar um "Simulador de Terra" para evitar que isso aconteça, mas falha porque potencial de nascimento humano caiu drasticamente.
Os cientistas então introduzem a fórmula da "Mensagem de Arecibo" no Simulador da Terra, trazendo com sucesso a humanidade para outro mundo. Eles ficam empolgados no início, até perceberem que os próprios seres humanos no Simulador da Terra criaram outro Simulador da Terra. Os cientistas começam a suspeitar que na verdade são apenas o produto de um Simulador da Terra de criaturas cuja posição está acima deles.
A história gira em torno de Takaoka Pollon, um hacker que tem a habilidade de "Salvar e Carregar" como em um videogame. Usando seu Hacking Trigger System, ele pode intervir na linha do mundo ao seu redor.
Anonymous;Code é uma visual novel japonesa. O tema do jogo é “hacking”.