Durante uma jornada, o nobre humano Kain é emboscado e morto por um bando de assassinos. Mortanius oferece a ele a chance de se vingar — Kain concorda, sem se importar com o custo, e desperta como um vampiro. Depois que ele mata seus atacantes, Mortanius diz a ele que, embora eles tenham sido os instrumentos de sua morte, eles não foram a causa final. Em busca da verdade e de uma cura para sua maldição vampírica, Kain viaja para os Pilares de Nosgoth. Lá, Ariel explica que ele tem que destruir o Círculo dos Nove antes que ele possa realizar a paz. Kain começa rastreando e matando Nupraptor, e então confronta Malek, mas seu duelo termina em um impasse. Para derrotar Malek, Kain solicita o conselho do Oráculo de Nosgoth. O Oráculo o avisa sobre as Legiões de Nêmesis e o instrui a procurar Vorador, o antigo adversário de Malek. Quando os dois se encontram, Vorador dá as boas-vindas a Kain e oferece sua ajuda, mas pede ao novato que abrace o vampirismo e se abstenha de interferir nos assuntos da humanidade.
Assombrado pelo vampiro mais velho, que serve como um exemplo do que ele se tornará se não encontrar uma cura, Kain persiste e, em um confronto decisivo, Vorador derrota Malek enquanto Kain mata Bane, o Druida, e DeJoule, o Energista. Mais tarde, depois que ele mata Azimuth, o Planador, e recupera um dispositivo de transmissão de tempo, Ariel informa Kain que ele deve priorizar a guerra contra Nemesis, cujos exércitos ameaçam conquistar Willendorf. Kain convence o Rei Ottmar a reunir suas tropas contra as Legiões em uma resistência final, mas a batalha se mostra desastrosa. Ottmar perece, as forças de Willendorf são sobrepujadas e Kain, encurralado, usa o dispositivo de transmissão de tempo para escapar. Ele emerge 50 anos no passado e mata a versão mais jovem de The Nemesis dessa era — o amado Rei William, o Justo — para desencadear um paradoxo temporal que expurga as Legiões do fluxo temporal. No entanto, quando Kain retorna aos dias atuais, ele descobre que o assassinato de William desencadeou um novo expurgo de vampiros.
O Oráculo de Nosgoth — revelado como Moebius, o Transmissor do Tempo, um membro do Círculo — lidera a cruzada genocida e, tendo planejado as ações de Kain desde o início, consuma sua armadilha executando Vorador. Kain mata Moebius, mas é deixado como o último de sua espécie. Nos Pilares, ele testemunha Mortanius discutindo com Anarcrothe, o Alquimista, que revela que Mortanius é um guardião e culpado pelas mortes de Ariel e Kain. Seduzido pela Entidade das Trevas, Mortanius foi controlado involuntariamente e forçado a matar Ariel. Para corrigir o desequilíbrio, ele criou Kain, uma criatura potente o suficiente para destruir o Círculo. Mortanius mata Anarcrothe e então sucumbe à possessão da Entidade das Trevas (a última sendo responsável por tudo o que aconteceu em Nosgoth) que Kain derrota. Com apenas um Pilar não restaurado, Kain alcança uma epifania: ele próprio é o último membro insano do Círculo, o sucessor involuntário de Ariel como guardião do equilíbrio, abatido no breve intervalo entre sua morte e a corrupção dos Pilares. A "cura" para o vampirismo que ele buscava é sua própria morte.
Os jogadores podem escolher se querem curar o mundo — um final em que Kain sacrifica sua vida, garantindo a extinção dos vampiros e a restauração de Nosgoth — ou condenar o mundo, caso em que os Pilares entram em colapso, deixando Nosgoth um deserto irredimível, com Kain abraçando totalmente sua maldição e vivendo como a entidade mais poderosa da terra. A última escolha é considerada o final canônico que leva ao resto da série.
Blood Omen: Legacy of Kain é um videogame de ação e aventura de cima para baixo com elementos de RPG. É o primeiro jogo da série Legacy of Kain e o único desenvolvido pela Silicon Knights e publicado pela Crystal Dynamics. O jogo foi lançado pela primeira vez em 1996 para o PlayStation e, mais tarde, portado para o Microsoft Windows. Uma versão para Sega Saturn foi anunciada durante a produção, mas depois cancelada antes do lançamento. Foi seguido por quatro sequências, todas desenvolvidas pela Crystal Dynamics e publicadas pela Eidos Interactive.