Tomba! se passa em um grupo de ilhas no meio de um oceano que não aparecem em nenhum mapa. Formada com grandes províncias no norte e ilhas menores no sul, a região é o lar de pessoas pacíficas que viveram em tranquilidade por muitos anos. A ilha já foi um lugar lindo, lar de pássaros e plantações.
O protagonista é um jovem energético de cabelos rosa chamado Tomba (Tombi na Europa). Um dia, sete porcos malignos apareceram e, usando seus poderes mágicos, eles transformaram os arredores em uma paisagem bizarra. Os subordinados dos Porcos Malignos, chamados de Porcos Koma, roubaram a pulseira do avô de Tomba e uma quantidade substancial de ouro por meio de uma estranha luxúria por ela.
A missão de Tomba é buscar sua pulseira, o que requer capturar os Porcos Malignos ao longo do caminho. Capturá-los envolve encontrar as Bolsas dos Porcos Malignos, que são chaves para entrar em cada reino de cada Porco Maligno. Ele também deve completar missões para outras pessoas para obter itens e as Bolsas dos Porcos Malignos. Algumas missões secundárias são apenas por diversão e irrelevantes para a história principal.
Tomba! é um jogo de plataforma de rolagem lateral no qual os jogadores controlam Tomba, um garoto selvagem em busca da pulseira de seu avô que foi roubada por alguns porcos malignos. Embora Tomba normalmente esteja restrito a um plano bidimensional, há certos pontos onde ele pode pular ou subir em um novo plano. O principal método de ataque de Tomba é pular em cima dos inimigos para agarrá-los, permitindo que ele pule sobre eles antes de jogá-los fora. Isso também pode ser usado para abrir outros objetos, como ovos ou baús de tesouro. Tomba também pode usar várias armas de projéteis, como maças e bumerangues, e pode balançar em galhos e postes.
O jogo é baseado em um sistema de missão, onde as habilidades do personagem principal (Tomba) são empregadas para completar várias tarefas. A conclusão de uma missão dá uma certa quantidade de pontos de aventura (AP) que são necessários para caixas de AP que contêm comida (que lhe dá AP e restaura 1 espaço de vitalidade) ou itens, e você pode, por exemplo, precisar de 50.000 AP para abrir uma. AP também é usado para obter acesso a lugares especiais ou informações mais tarde no jogo. Nem todas as missões são necessárias para progredir no jogo, no entanto, elas são necessárias para atingir a conclusão completa. Existem 130 eventos (missões) no jogo, muitos deles dependem de outros eventos para serem concluídos.