A história se concentra em Zero, uma mulher que pode manipular a magia por meio da música. Em parceria com um dragão chamado Mikhail, Zero partiu para matar suas cinco irmãs, que governam as regiões do mundo. Enquanto ela viaja, o jogador descobre a verdadeira razão por trás da fúria de Zero.
Drakengard 3 transporta os jogadores para um mundo medieval onde seis irmãs semelhantes a deusas conhecidas como "Intoners" trouxeram paz à terra com seu poder de manipular a magia através da música. A harmonia é interrompida, no entanto, quando a irmã mais velha, Zero, tenta assassinar suas irmãs mais novas com a ajuda de seu companheiro dragão, Mikhail. Conforme a história avança, os jogadores se encontram em uma batalha para desvendar o mistério de Zero e descobrir suas verdadeiras intenções.
Uma prequela do Drakengard original, Drakengard 3 apresenta a marca de ação característica da série, colocando os jogadores contra hordas de demônios e inimigos em um implacável combate terrestre hack-and-slash e, em seguida, enviando-os para batalhas aéreas campais na parte de trás do dragão Mikhail.