O jogo continua a história de Abe, traçando seus esforços para salvar seus companheiros Mudokons de outra conspiração dos Glukkons para explorá-los. Abe descobre que os Glukkons estão escravizando Mudokons, desta vez para produzir uma bebida chamada Soulstorm Brew, que usa ossos e lágrimas de Mudokon como ingredientes. Abe deve viajar para a Cervejaria Soul Storm, deter os vilões corporativos e salvar os trabalhadores escravizados de Mudokon.
A aposentadoria pacífica de Abe foi destruída quando uma visão dos Três Esquisitos o visitou. Abe descobriu que o Cartel Magog estava minerando Necrum, a cidade sagrada dos mortos de Mudokon, para coletar ossos e fazer a superviciante SoulStorm Brew.
Depois de libertar os espíritos Mudokon presos nos Vaults Mudanchee e Mudomo, Abe ganhou poderes assustadores dos Weirdos, incluindo a habilidade de curar seus amigos Mudokon do vício de SoulStorm e o poder de ficar invisível. Infiltrando-se no centro de transporte do FeeCo Depot e usando peidos explosivos para sobreviver às aventuras no Slig Barracks e Bonewerks, Abe invadiu a Cervejaria SoulStorm.
Lá, Abe descobriu a verdade por trás do ingrediente secreto da SoulStorm Brew... pouco antes de explodir o lugar em átomos com o poder combinado do sóbrio Mudokon que ele resgatou. Então Abe juntou-se aos seus amigos viciados em cerveja no Alf’s Rehab & Tea para tomar a cura – a jornada de uma vida começa com um passo.
Ou são doze?