Ano de 2011. Cinco anos se passaram desde o Segundo Desastre, que eclipsou os acontecimentos de abril de 1986. A Zona é abalada por explosões frequentes e poderosas, que movem campos de anomalias, abrindo novas rotas para locais antes inacessíveis. As facções de Stalker lutam pelos novos territórios e pontos-chave. Muitos perseguidores morrem, mas os novatos continuam chegando.
A ação se passa um ano antes dos eventos de S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl, um ano antes da viagem de maior sucesso de Strelok ao centro da Zona – a terceira. Você aprenderá sobre Strelok e seu esquadrão do ponto de vista de outro personagem.
A Zona está esperando por você à frente, novos locais e ameaças desconhecidas, buracos espaciais e monstros escondidos na neblina, noites escuras e raios salvadores do sol nascente. Tente evitar anomalias e se esconder de explosões, descubra a Zona e colete artefatos, cure a irradiação radioativa e lute por qualquer facção de perseguidores que você quiser! Só então você descobrirá a verdade sobre Strelok e como ele entrou no caminhão da morte e recebeu o S.T.A.L.K.E.R. tatuagem em seu braço.