Em meio a uma tempestade ecológica, os Sky Pirates emboscam o Hellcat, forçando Jak a se defender dos atacantes que fazem rapel em seu navio através de um grande navio pirata, o Phantom Blade. Keira consegue fazer com que um pirata caia do navio, enquanto Jak briga com o outro, conhecido como Capitão Fênix. Jak perde e tenta se transformar em Dark Jak, mas não consegue devido à instabilidade ecológica, causando-lhe grande dor. Phoenix testemunha a tentativa de transformação de Jak, afirmando que há mais pessoas como Jak e se prepara para atirar para matá-lo. Neste ponto, Daxter consegue fugir de Phoenix atirando nele com a arma traseira do Hellcat, mas também atira em seu próprio navio, causando um vazamento de combustível, forçando Keira a pousar na Ilha Brink.
Quando seu mundo começa a ficar sem Eco, Jak e Keira viajam até os confins do mundo em busca da antiga maquinaria Precursora que poderia reverter o declínio do planeta. No entanto, eles não são as únicas facções interessadas no Brink; Jak deve enfrentar os Sky Pirates enquanto luta para controlar seus próprios poderes Eco.