Em comemoração ao 25º aniversário da franquia Harvest Moon, Harvest Moon: The Winds of Anthos oferecerá novas funções, mantendo os fundamentos básicos que tornaram a série tão popular. A terra que os jogadores explorarão é conhecida como Anthos e é o lar dos Harvest Sprites, espíritos que protegem as pessoas e a natureza, bem como a deusa da natureza conhecida como Harvest Goddess.
No entanto, cerca de 20 anos atrás, uma erupção sem precedentes na região vulcânica de Anthos forçou a Deusa da Colheita e seus Harvest Sprites a usar todos os seus poderes para proteger as pessoas. As pessoas foram salvas, mas a erupção deixou as aldeias isoladas umas das outras... Acreditando que as aldeias e pessoas separadas um dia seriam reconectadas, a Deusa da Colheita enviou uma garrafa ao oceano com uma carta e uma chave mágica, então caiu num sono profundo...