Nos tempos modernos, uma estranha doença corre solta. Uma jovem chamada Lebel Distel, que está à beira da morte, ouve uma voz misteriosa: "Você foi escolhido". Embora tomada pela escuridão, Leben acorda para se encontrar em um mundo pós-apocalíptico escuro e é saudado por um andróide chamado Enoa.
Leben se encontra no Éden, a Planta de Propagação, onde as máquinas continuam operando com o objetivo de criar “Real Humans” para restaurar a humanidade. Guiado por Enoa, Leben se envolve na batalha para se tornar um "Real Humano".
Crymachina é um RPG de ação onde garotas mecânicas se esforçam para sobreviver em um mundo pós-apocalíptico para se tornarem “Humanos Reais”. Mas o que significa ser um “Real Humano”?