A história começa com Tom Riley, junto com o Motor 174, dirigindo por Staten Island. Eles finalmente chegam a uma usina em chamas. Pouco depois de entrar na estação, Tom é separado de seus colegas bombeiros, quando cai em uma tábua fraca do piso. Depois de voltar para a estação, Tom testemunha um colega bombeiro ser sequestrado e morto por um Longleg. Assustado, Tom recupera o juízo e abre caminho até o colega bombeiro Smitty, o único outro sobrevivente. Os dois finalmente conseguem sair da estação e entrar nas ruas devastadas pela guerra de Staten Island.
Resistance: Burning Skies é uma experiência de Resistance única desenvolvida especificamente para PS Vita que aproveita ao máximo os controles analógicos duplos do sistema e apresenta um herói e uma história totalmente novos escritos por William C. Dietz, autor de Resistance: The Gathering Storm e Resistance: Um buraco no céu.