A Unidade 13 é muito parecida com a franquia SOCOM. A câmera permanece diretamente atrás do personagem do jogador em terceira pessoa, ou de outra forma muda para mira em primeira pessoa se o jogador selecionar a opção de aumentar o zoom com armas que possuem acessórios compatíveis. Os objetivos podem ser concluídos em qualquer ordem em cada missão, com algumas missões permitindo qualquer abordagem para atingir um objetivo (Ação Direta), enquanto outras têm certas condições, como exigir furtividade.
Todas as missões podem ser jogadas cooperativamente, e cada missão apresenta um modo "Dinâmico" desbloqueável, que altera os objetivos e locais dos objetivos, armas e locais inimigos, para valores e pontos aleatórios no ambiente.