Os eventos de Golden Abyss acontecem antes de Uncharted: Drake''s Fortune. O aventureiro Nathan Drake acompanha o velho amigo Jason Dante a uma escavação no Panamá chefiada pela desconfiada Marisa Chase. No local, eles encontram os corpos de conquistadores espanhóis envenenados e uma lápide com um símbolo visigodo. Depois que Dante tem que sair devido a um telefonema, Marisa mostra a Drake um amuleto que ela escondeu de Dante, herdado de seu avô Vincent Perez e eles concordam em se unir. Nathan e Marisa são atacados e capturados pelo verdadeiro parceiro de Dante, o senhor da guerra Roberto Guerro, mas os dois escapam. Eles vão até a casa de Perez, que contratou Dante para continuar suas pesquisas após um diagnóstico de câncer terminal; Dante pagou Guerro pelo acesso ao local em troca de uma parte do tesouro que Guerro usará para financiar seu conflito, enquanto Marisa foi lá para terminar o trabalho de sua família. A dupla descobre que o marcador se referia às Sete Cidades, uma antiga seita cristã dedicada a encontrar as Sete Cidades de Ouro. Frei Marcos de Niza, membro da seita, fazia parte de uma expedição fracassada liderada por Francisco Vásquez de Coronado para encontrar a cidade de Quivira.
Descubra o segredo sombrio por trás do massacre de 400 anos de uma expedição espanhola enquanto Nathan Drake rastreia a trilha assassina de uma antiga e secreta seita espanhola. Pego no meio de uma rivalidade entre Jason Dante - seu velho amigo - e Marisa Chase - a neta de um arqueólogo que desapareceu misteriosamente sem deixar vestígios - Nathan Drake investiga as traiçoeiras bacias hidrográficas, ruínas de templos não descobertos e cavernas cársticas da América Central em busca de uma lendária cidade perdida, apenas para se ver empurrado para a beira do Abismo Dourado