Na véspera de revelar um novo tipo de aumento que negará o uso de Neuropozyne, as Indústrias Sarif são atacadas pelos Tiranos. Adam Jensen tenta salvar Megan Reed e seus colegas cientistas, mas o líder tirano Namir o fere gravemente e aparentemente mata Megan e os cientistas. David Sarif usa sua tecnologia mais avançada para salvar Adam, dando-lhe habilidades sobre-humanas: ele também descobre que os aprimoramentos estão se ligando a ele naturalmente sem a necessidade de Neuropozyne. Chamado de volta para lidar com um ataque a um armazém das Indústrias Sarif por extremistas anti-aumento, Adam descobre um hacker aprimorado tentando obter acesso ao aumento secreto da arma Typhoon. Após a descoberta, o hacker é forçado por seu controlador a atirar em si mesmo. Depois que Adam recupera o hub neural do hacker falecido de sua antiga delegacia de polícia de Detroit, Frank Pritchard rastreia o sinal de hacking até uma fábrica abandonada em Highland Park. Adam descobre os Tyrants guardando um campo de detenção da FEMA, mas eles estão se mudando após o fracasso do ataque a Sarif. Adam confronta e derrota um dos mercenários, Barrett, que lhe diz para ir para Hengsha antes de se matar com uma granada.
Juntamente com o piloto Faridah Malik, Adam viaja para Hengsha e rastreia o hacker, Arie van Bruggen, que está sendo caçado pela empresa de segurança privada Belltower Associates e escondido pelo líder da tríade local Tong Si Hung. Van Bruggen instrui Adam a encontrar evidências dentro da Tai Yong Medical, a maior fabricante de tecnologia de aumento do mundo e principal rival de Sarif. Infiltrando-se em Tai Yong, Adam encontra a filmagem de uma ligação entre Namir e Zhao Yun Ru, que confirma que Megan e os outros cientistas desaparecidos estão vivos e que Eliza Cassan está de alguma forma envolvida. Confrontando Zhao em seu apartamento de cobertura, ele descobre que ela é aliada de uma organização poderosa que controla os interesses globais antes que ela acione a segurança e o force a sair. Viajando para o prédio corporativo da Picus em Montreal, Jensen rastreia Eliza, revelando ser uma construção de inteligência artificial projetada para influenciar a mídia. Apesar de sua programação, ela começou a questionar seu papel e se oferece para ajudar Adam. Depois que ele derrotou Fedorova, membro do Tyrant, Eliza deu a ele uma filmagem direcionando-o ao Doutor Isaias Sandoval, assessor de William Taggart.
De volta a Detroit, Sarif admite a Adam que os Illuminati estão por trás dos ataques. Adam se infiltra em um comício do Humanity Front e descobre a localização de Sandoval. Sandoval admite seu envolvimento no sequestro e dá a Adam a pista para encontrar os pesquisadores. De volta ao QG de Sarif, Adam conhece Hugh Darrow, que atualmente está trabalhando para evitar o aquecimento global com a recém-construída Instalação Panchaea no Ártico. Adam, junto com outras pessoas aprimoradas, também começa a experimentar falhas dolorosas, com as autoridades instando-os a substituir o biochip. Pritchard localiza o farol de rastreamento de um dos cientistas, levando Adam de volta para Hengsha, onde ele e Malik são emboscados por Belltower. O farol leva Adam a Tong Si Hung, que acaba de receber o braço do cientista já falecido. Sob a direção de Tong, Adam consegue se esconder em uma cápsula de estase após uma explosão encenada, acordando alguns dias depois em uma base secreta de Cingapura. Ele encontra os cientistas sequestrados e descobre que o mau funcionamento do biochip foi planejado para distribuir o resultado de suas pesquisas: um novo biochip para controlar humanos aprimorados. Adam e os cientistas encenam uma distração, permitindo que ele se infiltre no bunker secreto da instalação. Aqui ele enfrenta Namir uma última vez, então encontra Megan. Confrontada, Megan conta a ele que foi sequestrada para sua pesquisa; a chave genética para tornar todos os humanos compatíveis com os aprimoramentos, que ela encontrou no DNA de Adam - e para ajudar Darrow a frustrar os planos dos Illuminati.
Momentos depois, Darrow aparece ao vivo na televisão e transmite um sinal modificado que lança qualquer pessoa aumentada com o novo biochip em um frenesi assassino movido pelo medo. Jensen evacua os cientistas e comanda um módulo de vôo orbital para chegar a Panchaea. Ele confronta Darrow, que revela que deseja que a humanidade abandone a tecnologia de aumento que ele inventou, porque acredita que ela destruirá a identidade humana. Adam decide desativar o supercomputador Hyron Project de Panchaea e encerrar a transmissão; no caminho, ele encontra Taggart e Sarif, que o incentivam a ficar do lado deles e promover seus próprios planos. No coração de Panchaea, Jensen primeiro confronta Zhao Yun Ru quando ela tenta sequestrar o sinal para seu próprio uso; então Eliza, que oferece a Jensen quatro opções. Jensen pode transmitir toda a verdade e distanciar a humanidade dos aprimoramentos; equipar a transmissão para lançar suspeitas na Frente da Humanidade e permitir um maior desenvolvimento da tecnologia de aumento; enviar um relatório culpando o incidente por Neuropozyne contaminado para que o grupo de Taggart e, por extensão, os Illuminati encontrem novo apoio; ou destruir Panchea, não deixando ninguém para "girar a história". Dependendo da escolha e se Jensen adotou uma abordagem pacifista ou violenta ao longo do jogo, sua narração final varia.
Em uma cena pós-créditos, Megan se encontra com Bob Page, o principal antagonista de Deus Ex, para discutir seu emprego na "quimera do vírus nanite" e no "projeto D": antes disso, Page instrui seu coorte Morgan Everett a pesquisar o Projeto Hyron para tecnologia recuperável para a ''Iniciativa Morpheus'': estes são os precursores da criação dos clones de Denton, o vírus nanotecnológico "Gray Death" fabricado e a inteligência artificial "Helios", peças-chave da trama de Deus Ex.
Deus Ex: Human Revolution - Director''s Cut apresenta aproximadamente 8 horas de comentários do diretor e um vídeo "Making Of" de 45 minutos. Ele também apresenta um motor visual aprimorado e uma revisão completa das batalhas contra chefes.
Deus Ex: Human Revolution - Director''s Cut é um jogo expandido para Deus Ex: Human Revolution, que é um RPG de ação. É o terceiro jogo da série Deus Ex e uma prequela do Deus Ex original (2000). A jogabilidade – combinando tiro em primeira pessoa, furtividade e elementos de RPG – apresenta exploração e combate em ambientes conectados a vários hubs baseados na cidade, além de missões que concedem experiência e permitem a personalização das habilidades do personagem principal com itens chamados Praxis Kits. As conversas entre os personagens apresentam uma variedade de respostas, com opções nas conversas e em pontos cruciais da história que afetam o desenrolar de alguns eventos.