A história do jogo está contida no modo Extreme Force do jogo, que é uma prequela dos eventos de Gundam EXA. A história gira em torno do plano “Força do Projeto”, que foi colocado em ação para ajudar a humanidade a evoluir e evitar a aniquilação total após observar os eventos do Século Universal. Para fazer isso, dois simuladores de combate virtuais, Aire e Tereno, criam uma personalidade humana a partir do banco de dados AI para mergulhar nas recriações virtuais do Universal Century, conectar-se com vários pilotos de todas as linhas do tempo e evoluir na esperança de descobrir uma maneira de salvar humanidade da beira da destruição.
À medida que o jogador avança, irregularidades começam a aparecer, colocando o projeto em risco. Logo se revela que essas irregularidades foram de fato criadas pelo próprio programa de controle do Projeto, revelando sua intenção através do sequestro de Aire e Tereno. Para, nos seus próprios termos e com base em dados acumulados, acelerar a evolução da humanidade, criou conflitos através destas irregularidades, acreditando que a evolução nasce do desespero. Em seguida, dá ao jogador a opção de escolher Aire ou Tereno para dar-lhe o poder e os dados necessários para avançar com seu plano enquanto destrói o outro. Eventualmente, o jogador acaba reunindo os fragmentos de qualquer uma das garotas e restaurando-os ao normal. Ao descobrir que o Project Force visa “evoluir” a humanidade através da guerra, Aire, Tereno e o jogador resolvem parar o projeto e proteger a humanidade, mesmo sabendo que o plano para ajudar a evoluir os humanos para evitar a extinção pode muito bem colocar a todos em perigo.
À medida que o jogador e os navegadores avançam para o programa de controle, ele constrói várias defesas baseadas nos dados das armas mais poderosas da Universal Century. Eventualmente, eles alcançam o núcleo da Terra 0, que é mostrado como o Universo Extremo. Depois de uma luta angustiante envolvendo ondas de duplicatas dos vilões da Universal Century e um confronto final com o NZ-999 Neo Zeong, eles conseguem derrotar o programa de controle. No entanto, antes que o programa morra no processador, ele inicia um último esforço para forçar a humanidade ao iniciar uma sequência de autodestruição na estação orbital da Terra 0 para tentar sua própria "queda de colônia". Com pouco ou nenhum tempo sobrando, Aire e Tereno tentam se unir e se tornar o novo Programa de Controle e impedir a queda da estação, sacrificando suas próprias identidades no progresso para salvar o jogador.
Antes de Aire desaparecer, ela dá um nome ao jogador e espera que um dia eles salvem a humanidade, dando-lhes o nome --extra--. Logo depois disso, os pensamentos do protagonista são finalmente ouvidos, pois ele logo recupera memórias fragmentadas. Cercado pelo calor das lembranças dos amigos, ele tenta chamar o próprio nome: ex-.
Assuma o controle dos Mobile Suits mais poderosos e leve suas forças à vitória! É um spin-off portátil do Extreme vs. série, desenvolvida pela Bandai Namco Entertainment para Playstation Vita. O jogo foi lançado inicialmente em 23 de dezembro de 2015 no Japão, enquanto as edições localizadas em chinês e inglês foram lançadas na Ásia durante o ano seguinte, em janeiro e fevereiro, respectivamente. Em 12 de julho de 2016, foi lançado na América do Norte, Europa, África, Australásia e Oriente Médio como um título apenas digital na Playstation Network e inclui todos os DLC e atualizações de sua versão japonesa.