Começando logo após o final do Killzone original e revisitando muitos dos eventos da trilogia Killzone, o jogo coloca os jogadores nas botas de combate de um mercenário chamado Arran Danner. Danner, um ex-soldado da UCA, não tem escrúpulos em aceitar contratos pagos do ISA, assim como dos Helghast.
Killzone: Mercenary é um videogame de tiro em primeira pessoa e o segundo jogo portátil da série Killzone. Pela primeira vez em uma campanha de Killzone, os jogadores podem lutar ao lado das forças de Helghast, bem como dos especialistas da ISA, realizando missões que os soldados comuns não podem. Como mercenário, os jogadores são livres para decidir quais táticas e carregamentos usarão para cumprir seu contrato; os empregadores recompensarão os jogadores com dinheiro se forem concluídos com sucesso. O jogo utiliza a tela sensível ao toque e o painel de toque traseiro do PS Vita.