Dentro dos eventos do primeiro jogo, Alice Liddell, acreditando-se responsável por um incêndio que consumiu sua casa e sua família, escapa para uma versão distorcida do País das Maravilhas. Enquanto estava detida no Rutledge Asylum para tratamento, Alice conseguiu superar suas dúvidas e, eventualmente, foi liberada da enfermaria. Madness Returns se passa em 1875, um ano após o lançamento de Alice. Alice, agora com 19 anos,[6] reside em um orfanato na Londres vitoriana, sob os cuidados do Dr. Angus Bumby, um psiquiatra que usa a hipnose para ajudar seus pacientes infantis a esquecer suas memórias. Embora ela acredite que está bem, Alice ainda sofre de alucinações do País das Maravilhas.
Durante uma missão, Alice é atingida por uma alucinação e acredita estar no País das Maravilhas novamente. Embora inicialmente idílica, a terra pacífica rapidamente é corrompida pelo Trem Infernal que a atravessa, deixando para trás a Ruína, uma força que tenta parar Alice. Alice se encontra com o Gato de Cheshire, que afirma que é alguma força externa, não Alice, que causou essa corrupção, e pede que ela procure ex-amigos e inimigos para descobrir a origem do Trem. Durante o resto do jogo, Alice retorna brevemente à realidade entre os episódios que ocorrem no País das Maravilhas. No mundo real, Alice descobre com o advogado da família que sua irmã, Elizabeth (apelidada de "Lizzie"), foi a primeira a morrer no incêndio, apesar de ser a mais distante de sua fonte, e havia sido trancada em seu quarto.
Dentro do País das Maravilhas corrompido, Alice tenta aprender mais com os vários cidadãos do País das Maravilhas, incluindo a Duquesa, o Chapeleiro Maluco, a Tartaruga Falsa, a Morsa e o Carpinteiro e a Lagarta. Ela é finalmente informada de que a Rainha de Copas ainda vive apesar de sua derrota nas mãos de Alice antes, embora em uma capacidade diminuída. No castelo da rainha, Alice descobre a verdadeira forma da rainha, que se assemelha ao seu eu mais jovem. A Rainha revela que uma entidade chamada Dollmaker assumiu o Infernal Train e está corrompendo o País das Maravilhas.
Voltando a Londres, Alice começa a relembrar suas memórias da noite do incêndio e percebe que o Dr. Bumby estava lá. Ele é responsável pela morte de sua irmã e toda a sua família. Ela chega à conclusão de que o Dr. Bumby está tentando apagar as memórias do fogo de sua mente e, como ele fez com outras crianças, tentando deixá-la como um "brinquedo em branco" para ser levado por mestres abusivos e molestadores de crianças. por um preço. Furiosa, Alice confronta tanto o Dr. Bumby no mundo real na estação Moorgate quanto a contraparte do Dr. Bumby no País das Maravilhas, o Dollmaker, em sua fantasia no Trem Infernal. Dr. Bumby admite seus crimes, e até atesta a incendiar a casa de Alice depois que Lizzie recusou seus avanços, removendo quaisquer testemunhas de que ele a estuprou naquela noite. Ele ressalta que, ao acabar com seu País das Maravilhas, ele a fará esquecer os eventos daquela noite, enquanto ele continuará como membro da alta sociedade. Alice derrota o Dollmaker no País das Maravilhas, dando-lhe a força no mundo real e em sua mente para empurrar o Dr. Bumby no caminho de um trem que se aproxima, matando-o.
Quando Alice deixa a estação, ela se vê em uma visão híbrida de Londres misturada com o País das Maravilhas, Londerland. Alice vagueia pelo terreno desconhecido enquanto os monólogos do Gato de Cheshire dizem que Alice encontrou a verdade que "vale a pena lutar", e o País das Maravilhas, embora danificado, está seguro por enquanto.
Retorne ao País das Maravilhas e experimente um pesadelo totalmente novo enquanto Alice luta para recuperar sua sanidade enquanto luta pela verdade por trás de seu passado. Alice pode salvar o País das Maravilhas - e ela mesma - da loucura que consome os dois?