A história se passa na Academia do Mal, onde Lord Mao, o melhor aluno da Academia (porque nunca esteve em uma aula), decidiu que precisa ganhar "o poder do herói" para se vingar do Overlord, que também passa a ser seu pai, de milhares de horas de pesquisa em quadrinhos, anime e videogames. Ao longo do caminho, ele conhece Raspberyl, que se apresenta como uma velha amiga de Mao e a delinquente número 1 da Academia (como ela faz todos os deveres de casa, tem atendimento perfeito e é voluntária nas horas vagas). Logo depois, a dupla conhece Almaz, que veio para proteger a princesa do Overlord. Mao, vendo o título de Almaz como "Herói", o sequestra enquanto Beryl tenta resgatá-lo. Eventualmente, Mao foge com Almaz quando a aula começa e Beryl não pode se atrasar. Mao então leva Almaz para dentro de seu coração, onde eles podem trocar de título, dando a Mao o poder de que ele precisa para derrotar o Overlord (ele então comenta como o jogo é econômico, já que o chefe final será derrotado no primeiro capítulo). Mao e seus escravos, incluindo Almaz, que agora é um "Demônio em treinamento", vão enfrentar o Overlord, que é muito maior do que eles esperavam. A luta realmente ocorre sem o conhecimento do Overlord na palma de sua própria mão e o grupo é derrotado.
Disgaea 3 é uma sequência de Disgaea, um RPG de estratégia hardcore baseado em turnos. O jogo segue as façanhas de Mao, o aluno mais honrado da Evil Academy, uma escola onde os demônios mais atrasados, preguiçosos e rudes recebem as notas mais altas. Filho do diretor da escola, Mao nunca assistiu a uma aula nem abriu um livro didático. Ele deseja derrubar seu pai e assumir o título de Overlord, que ele decide que deve se tornar um herói para conseguir. Junte-se a ele em sua aventura maluca cheia de diálogos espirituosos, eventos emocionantes e emocionantes batalhas de estratégia.