Kurou Nadeshiko é a filha de doze anos de alguns membros ricos da classe alta. Ela vai para uma escola rica com seu amigo de infância e espera se tornar uma médica um dia. No entanto, todas as noites ela sonha em estar em outro mundo. Esse mundo está cheio de ruínas e ela é dez anos mais velha. Um dia, um aluno transferido chamado Kaido Takato vem para sua classe e ela se envolve em um clube extracurricular depois da escola que eles chamam de "Clock Zero".
Clock Zero: Shuuen no Ichibyou - ExTime é uma versão de Clock Zero para PlayStation Vita, adiciona novos cenários, novos CGs e uma rota de personagem extra.