Command & Conquer: Red Alert 3 se passa em uma realidade alternativa da Segunda Guerra Mundial, na qual os aliados ocidentais lutaram contra a União Soviética. Em Red Alert 3 a liderança soviética, diante da derrota, volta no tempo para matar Albert Einstein e impedir sua ajuda aos aliados, abrindo caminho para a dominação soviética no presente. No entanto, como consequência não intencional, uma terceira potência mundial, o Império do Sol Nascente, é criada e todos os três lados entram em guerra.