O jogo se passa após a Calamidade, um evento catastrófico que de repente fraturou a cidade de Caelondia, bem como as áreas circundantes do mundo do jogo em muitos pedaços flutuantes, interrompendo sua ecologia e reduzindo a maioria de seus habitantes a cinzas. Os jogadores assumem o controle de Kid, um protagonista silencioso que desperta em uma das poucas partes remanescentes do velho mundo e parte para o Bastion homônimo, onde todos deveriam ir em tempos difíceis. O único sobrevivente que ele encontra lá é um homem idoso chamado Rucks, o narrador do jogo, que o instrui a coletar os Núcleos que outrora alimentaram Caelondia. Um dispositivo no Bastião pode usar o poder dos Núcleos cristalinos para criar massas de terra e estruturas, bem como permitir que o Kid viaje mais longe por meio de "vias aéreas" que o impulsionam pelo ar.
Durante sua busca, Kid encontra mais dois sobreviventes: Zulf, um embaixador do Ura, pessoas que vivem no subsolo com quem Caelondia já esteve em guerra; e Zia, uma garota Ura criada em Caelondia. Ambos retornam ao Bastião, mas ao ler um diário que o Kid descobre, Zulf intencionalmente danifica partes do dispositivo central do Bastião (o monumento) e retorna ao território de Ura. The Kid descobre que o diário pertencia ao pai de Zia, Venn, que trabalhava para os Caelondians. Ele ajudou os cientistas Caelondian ("Mancers") a construir uma arma destinada a destruir o Ura completamente para evitar outra guerra. Venn manipulou a arma para sair pela culatra, de modo que, quando ele finalmente foi forçado a acioná-la, a Calamidade resultante destruiu a maior parte de Caelondia também.
Para reparar os danos de Zulf ao Bastion, o Kid começa a coletar Shards, uma forma menor de Cores. Ao obter o penúltimo fragmento necessário, os Ura atacam o Bastião, danificando-o e abduzindo Zia. Nos sete dias seguintes, The Kid se envolve em escaramuças esporádicas no território de Ura. Quando ele finalmente invade um posto avançado de Ura e encontra Zia, ela diz a ele que partiu com os Ura voluntariamente para descobrir suas intenções; Rucks já havia dito a Zia que o Bastion tinha a capacidade de consertar a Calamidade de alguma forma. The Kid viaja para a terra natal de Ura, outrora subterrânea, para recuperar o último fragmento. Lá, ele descobre Zulf sendo atacado por seu próprio povo: a batalha com Kid devastou as forças de Ura, e eles culpam Zulf por trazer Kid para sua casa. O Kid pode escolher largar sua arma para ajudar Zulf ou deixá-lo. Se ele deixar Zulf para trás, Kid destrói os restos do Ura e escapa por uma passagem aérea. Se ele escolher carregar Zulf, os arqueiros de Ura inicialmente abrem fogo contra eles, mas finalmente cessam o fogo e observam silenciosamente enquanto Kid e Zulf pegam o caminho aéreo de volta ao Bastião.
Depois que Kid retorna e se recupera, Rucks dá a ele outra escolha: ele pode fazer o Bastion voltar no tempo antes da Calamidade na esperança de evitá-la, ou usá-lo para evacuar os sobreviventes e seguir para algum lugar seguro. Rucks não tem certeza se há alguma maneira de evitar que a Calamidade ocorra novamente se o tempo for rebobinado, pois não havia como testar o processo. O jogo termina de qualquer maneira, mostrando imagens dos personagens (com a inclusão de Zulf se o jogador optar por resgatá-lo) voando ou de suas vidas antes da Calamidade junto com os créditos. No modo New Game+, que é desbloqueado após vencer o jogo uma vez, é sugerido que a restauração do mundo não impediu a Calamidade.
Um RPG hack-and-slash com um narrador reativo, várias armas desbloqueáveis, atualizações de armas, minijogos de prática e modificadores de dificuldade opcionais, ambientado em um mundo imaginário após um apocalipse incerto, no qual o jogador incorpora um adolescente com um passado conturbado enquanto ele e o narrador trabalham juntos para reconstruir o mundo a partir de um centro persistente chamado Bastion.