Tomoya Okazaki é um estudante do ensino médio do terceiro ano na Hikarizaka Private High School, levando uma vida cheia de ressentimento. Sua mãe faleceu em um acidente de carro quando ele era jovem, levando seu pai, Naoyuki, a recorrer a álcool e jogar para lidar. Isso resultou em brigas constantes entre os dois até Naoyuki deslocar o ombro de Tomoya. Incapaz de jogar em seu time de basquete, Tomoya começou a se distanciar de outras pessoas. Desde que ele teve um relacionamento distante com o pai, naturalmente se tornando um delinqüente com o tempo.
Enquanto estava a pé da escola, Tomoya conhece uma garota estranha chamada Nagisa Furukawa, questionando se ela gosta da escola. Ele se vê ajudando -a e, com o passar do tempo, Tomoya encontra sua vida indo em direção a uma nova direção.
Clannad segue a vida de Tomoya Okazaki, um delinqüente do ensino médio que conhece muitas pessoas em seu último ano na escola, incluindo cinco meninas, e ajuda a resolver seus problemas individuais.
A jogabilidade de Clannad segue uma trama ramificada que oferece cenários pré-determinados com cursos de interação e se concentra no apelo dos cinco personagens principais do personagem do jogador. O jogo foi classificado como o jogo de PC mais vendido vendido no Japão para o tempo de seu lançamento, e mapeou o Top 50 nacional várias vezes depois.