Esta história começa em um pequeno ateliê na cidade de Merveille, capital do Reino de Adalet, onde vivem duas jovens irmãs gêmeas. Eles estudam alquimia enquanto ajudam o pai, um alquimista, a administrar o ateliê e compartilham um sonho comum...
... para comandar o melhor atelier do país.
No entanto, existe uma grande lacuna entre a realidade de suas habilidades e seu sonho. Eles ainda têm um longo caminho a percorrer, e os dias passam enquanto a impaciência das meninas só aumenta. Em um desses dias, o caminho dos gêmeos os leva a uma certa pintura.
Dentro dessa pintura, eles encontram um mundo místico desconhecido. Um mundo cheio de vários ingredientes para o seu ofício. Talvez esse encontro casual com uma pintura misteriosa esteja prestes a aproximá-los drasticamente de transformar seu sonho em realidade...
O 19º jogo principal da franquia Atelier e o terceiro jogo da trilogia de jogos Mysterious.
O jogo apresenta dois personagens principais e muda alguns dos sistemas do jogo anterior.
Um novo recurso de criação, chamado Enchanting Agents, foi adicionado ao sistema Synthesis.
6 personagens participam do combate, cada atacante pode ter um personagem de apoio para ajudar e agora você pode criar itens durante o combate.