O jogo se passa no ano de 2172; a humanidade colonizou as luas da Terra, de Marte e de Júpiter. Uma força militar conhecida como BAHRAM envia sua unidade ofensiva primária para atacar Antilia, uma colônia de Júpiter, na tentativa de proteger duas máquinas avançadas conhecidas como Orbital Frames. Um dos poucos sobreviventes da colônia, um menino chamado Leo Stenbuck, testemunha a queda de um Veículo Extra-Orbital Laborioso (LEV) matando seus amigos. Ele foge para um hangar, onde encontra uma Estrutura Orbital chamada Jehuty. Usando este traje e sua inteligência integrada, ADA, ele afasta as forças BAHRAM lideradas pelo oficial Viola que buscam reivindicar Jehuty sob as ordens de seu líder, Nohman. Leo é então contatado por Elena Weinberg, comandante do navio de transporte civil Atlantis; pertence às forças militares da Terra, a Força Espacial das Nações Unidas. Como o piloto original de Jehuty morreu durante o ataque, Elena pede a ajuda de Leo para entregar Jehuty de volta a eles para que possam levá-lo para Marte. Leo, porém, se recusa a matar inimigos.
Lutando em Antilia, Leo resgata civis, incluindo Celvice Klein, um amigo; ele defende a colônia da destruição, derrotando as forças BAHRAM e seus comandantes, um por um. Antes de chegar à Atlântida, Leo encontra Viola, que busca uma revanche; Leo a derrota, mas não quer matá-la. Mais tarde, o piloto do Atlantis, Rock Thunderheart, conhece Leo pessoalmente, revelando que as forças BAHRAM ainda estão determinadas a obter Jehuty e ameaçam destruir a colônia. Thunderheart pede a ajuda de Leo para pilotar Jehuty, pois percebeu que as habilidades de Leo são superiores. Viola então aparece, atirando em Celvice desta vez, forçando Leo a lutar novamente. Celvice é levado ao Thunderheart para ser tratado enquanto Leo vai salvar a colônia.
Leo vai para o cais e Viola luta com ele mais uma vez. No entanto, Viola é derrotada novamente e morta quando uma bomba que sobrou a expulsa da colônia e a atinge na atmosfera de Júpiter. O próprio Nohman então aparece no gêmeo superior de Jehuty, Frame Anubis, forçando a fuga de Jehuty. Enquanto Jehuty está atracando, A.D.A. revela a Leo sua programação: ao ser levado para a fortaleza Aumaan em Marte, o mechas deverá ejetar seu piloto e autodestruir Jehuty, destruindo a estrutura e a fortaleza. Leo sai da cabine de Jehuty e se encontra com a tripulação do Atlantis e do Celvice, que sobreviveu ao ferimento à bala.
Reviva a aventura pela primeira vez em HD! Experimente um emocionante combate de robôs em alta altitude, diferente de tudo que você já sentiu antes.