O jogo se passa no ano de 2174, dois anos após os eventos de Zone of the Enders. Segue Dingo Egret, um mineiro que trabalha em Callisto. Ele inadvertidamente descobre a Estrutura Orbital, Jehuty, escondida. Quando ele é atacado pelas forças BAHRAM que vieram para tomá-lo, Dingo sobe em Jehuty e enfrenta os atacantes, que incluem uma corredora da Orbital Frame chamada Ken Marinaris. Durante a batalha, Dingo entra no navio de guerra BAHRAM, aparentemente derrotando Nephtis, uma estrutura orbital controlada por um programa de IA baseado no estilo de luta de Viola, mas é subjugado por Anubis, a contraparte superior de Jehuty controlada pelo coronel Ridley "Nohman" Hardiman, líder do BAHRAM. . Nohman pede que Dingo se junte a ele mais uma vez. Quando Dingo se recusa, pois seus camaradas foram sacrificados por Nohman anos atrás, Nohman atira nele e o deixa morrer.
Reviva a aventura pela primeira vez em HD! Experimente um emocionante combate de robôs em alta altitude, diferente de tudo que você já sentiu antes. Inclui a versão Special Edition de ZOE: The 2nd Runner. Lindas novas animações de abertura do lendário estúdio de animação Sunrise.