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Gabriel é enviado pela Irmandade da Luz ao Lago do Esquecimento, onde sua falecida esposa, Marie, conta a ele que os Espíritos que fundaram a Irmandade disseram que o poder dos Senhores das Sombras salvará o mundo. Gabriel conhece um homem da Irmandade chamado Zobek, que afirma que uma profecia foi mantida em segredo por alguns poucos selecionados, que fala de um guerreiro de coração puro que reivindicará o poder dos Senhores das Sombras para vencer o mal. Zobek diz que ele e Gabriel devem entrar nas terras dos Lordes das Trevas para unir os Céus com o mundo novamente, e que com isso Gabriel pode trazer Marie de volta dos mortos. Gabriel derrota o lobisomem Cornell e a vampira Carmilla pelas duas primeiras peças da Máscara de Deus em sua jornada, enquanto descobre que eles já foram dois dos três membros fundadores da Ordem que lutaram contra as crias de Satanás a favor de Deus até se transformarem em os Espíritos, com poder apenas inferior ao de Deus. Depois de ascenderem aos Céus, eles deixaram para trás seus lados sombrios, que eram conhecidos como os Senhores das Sombras.
Gabriel Belmont descobre uma máscara com o poder de ressuscitar os mortos e sai em uma missão para obtê-la para trazer sua esposa recentemente assassinada de volta dos mortos.
Lords of Shadow se baseia nos sistemas de combate explorados pela primeira vez nesta série em Lament of Innocence de 2003 e adiciona mortes mais violentas à mistura. A inspiração para essas mudanças parece ter vindo do God of War de 2005.