Situado na cidade portuária de Amihama em 1855, um ronin interage, luta e ajuda uma variedade de pessoas enquanto se alinha com as forças pró-governo, com os rebeldes antigovernamentais ou com a Marinha Britânica estacionada na cidade portuária tentando negociar um tratado de paz.
Em Way of the Samurai 4, você deve assumir o papel de um samurai sem mestre que busca se estabelecer nesta terra conflituosa de oportunidades e incertezas. Situado na humilde cidade portuária de Amihama, em meados do século XIX, vários anos após a chegada dos "navios negros" do Ocidente, pôs fim à longa história de isolamento cultural do Japão. Cabe a você decidir qual facção apoiar em um conflito poderoso entre as três potências da região e, assim, dirigir o curso da história do Japão.