Uma nova entrada na série Vandal Hearts, Flames of Judgment segue a história do jovem órfão Tobias Martin enquanto ele se une a seus colegas de escola para ajudar a defender sua terra natal contra um reino rival. A história funciona como uma prequela do Vandal Hearts original.
O combate isométrico, marca registrada da série, retorna, agora apresentado em 3D com modelos de personagens 3D. Os jogadores tentam se posicionar taticamente para obter vantagem sobre adversários mais fortes (ou mais numerosos). O combate ocorre em turnos, com cada lado movendo um personagem por turno. Cada membro do grupo pode carregar duas armas e alternar entre elas sem gastar um “turno”, permitindo-lhes mudar rapidamente de uma espada para um arco de longo alcance, por exemplo. Os personagens ganham níveis através de batalhas bem-sucedidas e aumentam as habilidades com uma arma ou feitiço específico ao usá-la em combate.
Muitos combates vão além do simples combate, introduzindo algum tipo de elemento de quebra-cabeça, que vai desde empurrar pedras até proteger os personagens dos atacantes. As missões também podem atualizar radicalmente os seus objetivos à medida que são feitos progressos. Além do jogo padrão, também existem vários finais e vários “mapas secretos” desbloqueados nos níveis regulares.