Em 17 de agosto de 2016, horas depois de matar o General Shepherd, o Capitão Price e Nikolai evacuam um moribundo John "Soap" MacTavish do Site Hotel Bravo, Afeganistão. Soap recebe atendimento médico em um esconderijo administrado pelos aliados legalistas de Nikolai em Himachal Pradesh, Índia, mas as forças de Vladamir Makarov chegam para tentar matar o trio. Depois que o médico é abatido, Yuri, o melhor soldado de Nikolai, que tem tanto rancor contra Makarov quanto Price, dá a Soap uma injeção de adrenalina para manter seu coração batendo e ajuda a garantir uma rota segura para fora do país.
Enquanto isso, a guerra entre a Rússia e os Estados Unidos continua, apesar da capital dos EUA estar garantida. As ações do Team Metal da Delta Force - composto pelo sargento. Derek "Frost" Westbrook, "Grinch", "Truck" e seu C.O. "Sandman" facilita a retirada do exército russo da invasão de Lower Manhattan, na cidade de Nova York. Eles começam destruindo uma torre de bloqueio no topo da Bolsa de Valores de Nova York, depois sequestram um submarino russo Oscar II no East River com a ajuda dos SEALs da Marinha dos EUA, a fim de usar seu material bélico contra sua própria frota. Eventualmente, a Rússia retira suas forças da costa leste dos EUA.
Em 4 de outubro de 2016, o presidente russo Boris Vorshevsky anuncia seus planos de fazer a paz com os EUA em uma cúpula em Hamburgo. No entanto, durante o vôo, os homens de Makarov sequestram o avião de Vorshevsky e o forçam a um pouso forçado na pista de um aeroporto. F.S.O. O agente Andrei Harkov tenta proteger Vorshevsky, mas é morto quando Makarov aparece dentro do que o F.S.O. acreditam ser um helicóptero de evacuação, Makarov sequestra o presidente e planeja capturar e torturar sua filha Alena, para forçar o presidente a dar a Makarov acesso ao arsenal nuclear russo que tem capacidade e poder destrutivo para destruir todo o continente europeu.
Call of Duty: Modern Warfare 3 é um videogame de tiro em primeira pessoa, desenvolvido pela Infinity Ward e Sledgehammer Games (Treyarch para a versão Wii), com a Raven Software auxiliando no desenvolvimento e publicado pela Activision.