Yousuke voltou para sua cidade natal, Oboshiro-mura, após 8 anos em Tóquio e Osaka. Ele havia recebido uma carta do padre Arakawa, que o criou quando criança, dizendo-lhe que a igreja de Oboshiro fecharia e se fundiria com uma igreja maior em uma cidade vizinha, e o convidaria a voltar para um último verão juntos. Ele se reuniu com seus amigos de infância Yomi, Daiya e Ruka, e também conheceu uma garotinha chamada Hina que o lembrou de si mesmo quando era criança. Este é o começo de um conto de verão alegre e refrescante, mas às vezes doloroso.
Um lançamento atualizado intitulado Himawari no Kyoukai to Nagai Natsuyasumi -extra vacation- foi lançado 7 meses após o lançamento inicial para PC. Inclui novos CGs de eventos, bem como uma nova rota para Tsukiko.