Lara Croft foi contratada por uma mulher misteriosa chamada Natla para encontrar um artefato perdido e muito poderoso conhecido como Scion, um artefato místico que se diz ter origem no continente perdido da Atlântida. Ela acredita que o Scion é um repositório de conhecimento antigo que pode ajudar a resolver o mistério do desaparecimento de sua mãe.
Tomb Raider: Anniversary é um remake do Tomb Raider original com um motor gráfico tecnicamente mais avançado. Tem o mesmo enredo básico, embora algumas cenas e grande parte do diálogo tenham sido expandidos ou modificados de outras maneiras. Os locais correspondem aos da versão original e são acessados na mesma ordem, mas foram redesenhados com layouts diferentes e, em sua maioria, quebra-cabeças completamente diferentes que permitem a implementação de novos movimentos: balançar em cordas e usar um gancho em pontos específicos.