Dois alienígenas amantes do funk, chamados ToeJam e Earl, fazem um pouso forçado em um estranho planeta chamado Terra após colidirem com um meteorito. Logo eles percebem que estão lidando com um planeta hostil, cujos habitantes malucos farão todo o possível para colocar os inofensivos alienígenas a dois metros de profundidade. Ajudados por alguns terráqueos amigáveis e caixas de itens aleatórias espalhadas pelo planeta, ToeJam e Earl iniciam sua aventura através de 25 níveis para encontrar 10 peças de sua nave espacial para que possam voltar ao seu planeta natal, Funkotron.
ToeJam & Earl é um rastreador de masmorras do início dos anos 1990. O jogo apresenta dois rappers alienígenas, que pousaram na Terra e parodiam a cultura urbana dos anos 1980. O design do jogo foi fortemente influenciado pelo videogame Rogue, e tirou dele recursos como a geração aleatória de níveis e itens. Jogado de uma perspectiva 2D de cima para baixo, o jogo contém modos cooperativos para um jogador e dois jogadores. Este último exibe uma única tela quando os dois personagens estão próximos um do outro, mas a divide quando não estão. Jogar com dois jogadores revela diálogos e piadas entre os personagens não ouvidos no jogo para um jogador.