Depois de ser reduzido a escombros por Joe Musashi, o sindicato do crime “Zeed” retornou vingativo como “Neo Zeed”. Ao restabelecerem seu poderoso império do crime, eles assassinaram a professora de Musashi e sequestraram Naoko, noiva de Musashi. Joe Musashi jurou vingança e partiu para o coração de “Neo Zeed”.
The Revenge of Shinobi, conhecido como The Super Shinobi no Japão, é a continuação de Shadow Dancer – a sequência de arcade de Shinobi. O jogo foi o primeiro título Shinobi desenvolvido exclusivamente para consoles domésticos.